研究院将借鉴国际一流研究机构的管理体系，逐步建立起与发展相适应的科研管理制度，积极探索将背景师范大学的学术研究和技术开发成果向产业转化的机制。
研究院设立理事会和学术委员会。理事会理事由北京师范大学和华渔教育科技有限公司、网龙网络公司的相关人员出任。学术委员会成员则由相关领域的国内外著名专家、学者担任。研究院实行理事会领导下的院长负责制，并设立副院长若干名。研究院设公共服务团队，负责研究院的日常运行支持保障服务及公共关系等事项。研究院实行基于项目的团队管理与考核方式。项目团队实行首席专家(PI)负责制。研究院面向全球招聘项目首席专家、研究员、博士后研究员等高层次人才。
